Hej Sofia,
Jag bor själv på en hotellkedja som finns i olika centrala delar av Tokyo. Det heter Tokyu Stay hotel, men dessvärre startar priserna kring 850 SEK.
Jag tror inte du behöver oroade dig för att hotellen är ofräscha...det mesta i Japan håller väldigt hög renlighetstandard.
Om du vill bo mitt i Schmeten rekommenderar jag också Shinjuku, där har du lite "skumma" kvarter, högt temp...