Transport från Haneda till Tokoy C

Vi anländer till Haneda 22:45 en fredag och försöker nu hitta ett bra sätt att åka till vårt hotell som ligger i Shinjuku. Jag vet att det finns tåg o buss men är inte säker på att vi hinner, verkar bli lite stressigt och vi hittar ju inte. Försökt boka taxitransfer (Tokyo MK) men det verkar som om man måste boka t/r och det går ju inte eftersom vi inte reser från Tokyo när vi ska hem igen utan från Kyoto och då tar vi tåg eller buss. Några förslag hur vi bäst ska gå tillväga?
Tacksamma pensionärer.