Munkarna byggde upp en liten klosterstad och utgrävningar visar på ett avancerat vatten- och avloppssystem och förmodligen också kanaler för värme och ventilation. I slutet av 1200-talet var klosterkyrkan i Varnhem Sveriges största kyrkobyggnad och verksamheten blomstrade i flera århundraden. I samband med reformationen på 1500-talet upphörde klosterverksamheten och kyrkan lämnades också åt sitt öde. Magnus Gabriel de la Gardie lät restaurera kyrkan under 1600-talet och tack vare honom är kyrkan i gott skick idag. Själva klosterbyggnaderna fick däremot förfalla och inte förrän på 1920-talet började man gräva ut de gamla ruinerna. Klosterlivet finns väl dokumenterat och i museet vid kyrkan finns bl.a. en modell av den centrala klosteranläggningen och intressanta bilder och texter.
