Den första huvudbyggnaden låg på andra sidan sjön och det nuvarande slottet anlades efter att Svante Sture d.y. hade avhyst Vrå by år 1562. I slutet av 1400-talet tillhörde Ekenäs släkten Natt och Dag och i början av 1500-talet tillhörde det släkten Ulvätten. På Gustav Vasas tid hade en av Banérsläktens fogdar sin gård på den plats där slottet ligger nu.
Slottets nuvarande utformning, i renässansstil, fick det på 1630- och 1640-talen av riksrådet Peder Banér och är än idag ett av Sveriges ståtligaste 1600-talsslott. Slottet har i stort sett under hela tiden tillhört släkten Banér, även om det 1687-1727 ägdes av greve Mauritz Vellingk. Det kom sedan åter i Banérska släktens ägo. Åren 1880-1934 ägdes det av ätten Klingspor. Efter 1934 har ingen bott i slottet. Under andra världskriget användes slottet som högkvarter av militära beredskapsstyrkor. Dagens ägare är Wilhelm Bergengren som tillhör en lågadlig ätt.
Ägaren till Ekenäs tillsatte under en lång tid såväl kyrkoherde som komminister i Örtomta pastorat. Detta var ett så kallat patronellt pastorat, som fanns i ett mindre antal lite varstans i landet, men som avskaffades i början av 1920-talet.
Ekenäs byggnadsminnesförklarades 1974 och fungerar som museum idag.
